1966年，“文革”开始后，在十分困难的情况下，一些教师仍在混乱的环境中为各班学生上课，有的科研小组坚持在实验室或到协作单位继续进行科研工作。1969到1971年分两批将无线电电子学系的绝大部分教职工和学生搬迁至四川绵阳县，成为清华大学绵阳分校的主体。1970年开始招生。1972年分校主要基建工程结束。
在信息闭塞、物资匮乏、运动频繁、生活艰苦的情况下，广大教职工仍努力进行教学工作，培养建设人才；积极开展科学研究，在微波数字通信系统、群路数传机、大功率正交场放大管、场效应晶体管和微波晶体管等领域取得了一定的成果，并与四川省内的一些重点工厂企业协作，建立了良好的关系，为他们培养了一批技术骨干力量。 1977年5月刘达同志到清华任校长，经过他和老校长蒋南翔的多方努力，于1978年初，报请邓小平同志批准，决定撤销清华大学绵阳分校，搬迁回京，在本校恢复无线电电子学系。搬迁工作1979年5月全部结束。
