清华大学无线电工程系建于1952年9月。其前身是1932年建立的电机工程系电讯组。1952年全国进行院系调整，将清华大学电机系电讯组与北京大学工学院电机系电讯组合并建立清华大学无线电工程系。孟昭英教授任系主任，常迥教授任副系主任，翌年，建立教师党支部，李传信任书记。自蒋南翔校长1952年到校主持工作后，学校十分重视无线电工程系的建设工作，蒋校长亲自邀请主管电子工业的领导来校座谈，确定了无线电工程系要为我国电子工业发展服务的方针，并争取到工业部门对系的建设和发展的支持。建系初，全系仅15名教师、5名职工和3个年级共百余学生。 师生团结协力，共同创业，陆续开出了“无线电基础”等课程，并及时翻译出版了《无线电基础》、《电子管》两本前苏联教材，这是国内首批出版的无线电工程类的苏联教科书。我系成为中国无线电电子学科的开创单位之一，1955年中国科学院成立学部，孟昭英教授被聘任为技术科学部委员。

1958年，李传信同志开始主持系的工作，后接任系主任。根据学科发展的需要，系更名为无线电电子学系。当年，建系后招收的第一届学生毕业，教学计划已执行了全过程。大部分师生下厂，参加了第一个五年计划中兴建的电子类工厂的建厂及生产实践，广泛接触了生产实际。 此后，校内师生积极开展科学研究，全系进入了教学、科研、生产三结合的发展时期，并同国内科技界、工业界更密切地结合起来，得到了长期的关心和积极支持。1963年清华大学与四机部第十研究院联合在无线电电子学系设立了无线电电子学研究室，由十院提出研究课题，提供经费并选派青年科技人员组成协作队，参加研究室工作。到60年代初，全系已经形成数字通信、电视、微波技术、微波电子器件、真空技术与半导体器件等学科并恢复招收研究生。

从1952年建系至1965年共招收大学本科生3089人，研究生96人。到1966年，在系学生已达1200人。从1956年至1966年的十年中，完成了600／1200波特数传机，8路PCM通信终端，3cm周期磁场聚焦宽频带小功率行波管，10cm固态低噪声参量放大器等当时属国内领先的项目，并在国内率先开始了硅晶体管制造和集成电路的研究工作。

1966年，“文革”开始后，在十分困难的情况下，一些教师仍在混乱的环境中为各班学生上课，有的科研小组坚持在实验室或到协作单位继续进行科研工作。1969到1971年分两批将无线电电子学系的绝大部分教职工和学生搬迁至四川绵阳县，成为清华大学绵阳分校的主体。1970年开始招生。1972年分校主要基建工程结束。

在信息闭塞、物资匮乏、运动频繁、生活艰苦的情况下，广大教职工仍努力进行教学工作，培养建设人才；积极开展科学研究，在微波数字通信系统、群路数传机、大功率正交场放大管、场效应晶体管和微波晶体管等领域取得了一定的成果，并与四川省内的一些重点工厂企业协作，建立了良好的关系，为他们培养了一批技术骨干力量。 1977年5月刘达同志到清华任校长，经过他和老校长蒋南翔的多方努力，于1978年初，报请邓小平同志批准，决定撤销清华大学绵阳分校，搬迁回京，在本校恢复无线电电子学系。搬迁工作1979年5月全部结束。

无线电电子学系的重建工作从1978年决定搬迁回校即已开始。李传信同志任系主任，张绪潭同志任系党委书记。从1978年起恢复在校本部招生。全系在搬迁过程中，保持了教学和科研工作的连续性。经过两年多的恢复与调整，系的工作走上正轨。考虑到微电子技术的迅速发展和清华大学的整体布局，学校于1980年底决定，以系的半导体器件与物理教研组和试制车间为基础，建立清华大学微电子学研究所，独立建制。大学生本科生专业仍在无线电电子学系，教学工作由系和所共同负责。研究生专业从1992年起由所单独负责。根据世界电子科学技术发展趋势和我国国民经济发展的需要，全系确定了五个学科发展方向：高速、实时的及多维的信息与信号处理；数字通信与光通信；专用集成电路与集成系统的设计与应用；信息光电子学与集成光电子学；微细加工及微细检测与分析技术。进行了教学计划和内容的大幅度调整，扩展专业领域，更新专业内容。

在第三任系主任吴佑寿、第四任系主任张克潜和刘润生、江剑平两任系党委书记主持下，按照学校“一个根本、两个中心、三个结合”和“着重提高、在提高中发展”的方针，在全系同志的共同努力下，在教学、科研、开发、实验室建设、学生管理和教师队伍建设诸方面都取得可喜的进步。开设了100余门本科生的专业基础课、专业课和研究生课程，正式出版教材及专著近百部，其中《高频电路》、《信号与系统》、《激光原理》被国家教委评为国家级优秀教材，“电子线路系列课”、“信号与系统”、“激光原理”被评为校级一类课。

由于无线电含义不够确切，自1989年起，系名改为电子工程系，内涵不变。

在近三十年的时间里，取得了以国家发明一等奖的“自适应和数字电可控非相参频率捷变系统”为代表的300多项高水平科研成果。其中，获国家级奖励14项，获部委省市级奖励144项，授权专利48项。随着改革、开放的深入发展，教学、科研与社会生产紧密结合的优良传统得到了充分发扬，有的学科和专业与外界企业和公司已经形成了长期稳定的协作关系，并日趋发展成为“学、研、产”结合的研究开发体。在国际上，也建立了广泛的学术联系。

目前，全系本科以“电子工程大类”实行大平台的人才培养，研究生设有电子科学与技术、通信与信息工程两个一级学科，按一级学科培养硕士和博士研究生，这两个学科在全国学科评估中多年均排名第一。

当前，在中国实现产业战略性转型的机遇期，我们充满着信心。电子工程系力争与世界电子科学技术的迅猛发展并驾齐驱，为中国电子科技事业培养栋梁之材，为把清华大学办成世界一流的具有中国特色的社会主义大学做出贡献。